No Rogue Run e no Infinito, uma em cada cinco ondas é uma onda de chefe.
Três chefes
O primeiro chefe é sempre o clássico: um bloco com escudo que varre o tabuleiro. Os seguintes podem ser o Fissurado, que se divide em dois, ou o Guardião, que se teletransporta e se fecha atrás de muralhas. Cada um tem a sua barra de vida.
Quinze relíquias
Depois de um chefe no Rogue Run, escolhes uma relíquia: um efeito duradouro para o resto da run, como Núcleo de Sobrecarga, Núcleo de Enxame ou Núcleo de Midas. Escolhes uma entre duas; algumas relíquias desbloqueiam-se à medida que jogas.
Depois, a fusão
Uma onda de chefe é também o momento de fundir duas bolas dominadas. Vê O arsenal de bolas.

