No Rogue Run e no Infinito, uma a cada cinco ondas é uma onda de chefe.
Três chefes
O primeiro chefe é sempre o clássico: um bloco com escudo que varre o tabuleiro. Os seguintes podem ser o Rachado, que se divide em dois, ou o Guardião, que se teletransporta e se fecha atrás de paredes. Cada um tem a própria barra de vida.
Quinze relíquias
Depois de um chefe no Rogue Run, você escolhe uma relíquia: um efeito duradouro para o resto da run, como Núcleo de Sobrecarga, Núcleo de Enxame ou Núcleo de Midas. Você escolhe uma entre duas; algumas relíquias são desbloqueadas conforme você joga.
Depois, a fusão
Uma onda de chefe também é o momento de fundir duas bolas dominadas. Veja O arsenal de bolas.