रोग रन और एंडलेस में हर पाँचवीं वेव बॉस वेव होती है।
तीन बॉस
पहला बॉस हमेशा क्लासिक होता है: शील्ड वाला एक ब्लॉक जो पूरे बोर्ड पर इधर-उधर घूमता है। बाद के बॉस फिशर्ड हो सकते हैं, जो दो हिस्सों में बँट जाता है, या वॉर्डन, जो टेलीपोर्ट करता है और खुद को दीवारों के पीछे छिपा लेता है। हर एक का अपना हेल्थ बार है।
पंद्रह रेलिक
रोग रन में बॉस के बाद आप एक रेलिक चुनते हैं: बाकी रन के लिए एक स्थायी असर, जैसे ओवरचार्ज कोर, स्वार्म कोर या माइडास कोर। आप दो में से एक चुनते हैं; कुछ रेलिक खेलते-खेलते अनलॉक होती हैं।
फिर संलयन
बॉस वेव वही समय भी है जब आप दो मास्टर बॉल को मिला सकते हैं। देखें बॉल का शस्त्रागार।